1695 年到 1702 年间，巴赫在艾森纳赫拉丁语学校（这也是马丁·路德的母校）就读。巴赫不只学习拉丁文，还学习正统的路德教派教义，这为他开启了另一条智慧之路。他还搜罗了一批可观的神学著作，供闲暇时阅读消遣。
除了宗教，马丁·路德在音乐上也对巴赫启发颇多。路德曾创作许多以简洁配乐而成的曲调，加入传达教义的歌词，一般称为众赞歌，又名圣咏合唱，借音乐在宗教改革上赢得不少信徒。巴赫致力于众赞歌这种曲调的经营，他离开拉丁语学校后的几年到吕内堡的米歇尔学校，数年唱诗班经历，使他积累了大量16、17世纪的宗教众赞歌曲目。
巴赫在吕内堡时，似乎总是把握每个机会，接触各种乐风。巴赫的早熟应该可以从他追寻多种音乐洗礼，而不执著于单一的乐风看出。